За п. 1 Прикінцевих положень Закону "Про внесення змін до деяких законодавчих актів України щодо відходів" № 3073-111 від 7 березня 2002 р. цей Закон набирає чинності з дня його опублікування (надруковано: „Урядовий кур'єр", 24.04.2002 р.). Ним (п. 3) викладено у новій редакції підпункт 7.13.5 п. 7.13 ст. 7 Закону України "Про оподаткування прибутку підприємств":
"Звільняються від оподаткування доходи заготівельних підприємств від продажу відповідно до закону окремих видів відходів як вторинної сировини за Переліком, визначеним Кабінетом Міністрів України".
Перелік окремих видів відходів як вторинної сировини, доходи заготівельних підприємств від продажу яких звільняються від оподаткування, а суми нарахованого податку на додану вартість, що підлягають сплаті до бюджету за операції з їх продажу, залишаються у розпорядженні заготівельних підприємств і використовуються ними на придбання матеріально-технічних ресурсів виробничого призначення, було затверджено постановою Кабінету Міністрів України № 82 від 18 січня 2003 року.
Крім того, відповідно до названого документа Міністерству екології та природних ресурсів разом з Міністерством фінансів і Державною податковою адміністрацією було доручено затвердити порядок визначення та обліку сум податку на додану вартість, які нараховуються заготівельними підприємствами за операції з продажу ними окремих видів відходів як вторинної сировини і залишаються у розпорядженні цих підприємств, а також їх використання заготівельними підприємствами відповідно до законодавства і здійснення контролю за їх цільовим використанням.
Якщо пристати на позицію, що пільги повинні надаватися тільки після прийняття відповідних під-законних нормативних актів, то введення у дію положень Закону буде поставлено у безпосередню залежність від роботи органів виконавчої влади. Це суперечить ст. 94 Конституції України, якою передбачено порядок набрання чинності законом. Більше того, з тексту нової редакції названого Закону випливає саме обов'язок Кабінету Міністрів визначити необхідний перелік на виконання цього Закону, який не може звужувати права заготівельних підприємств.
Таким чином, якщо внаслідок затримання видачі необхідних для керування у роботі податкової інспекції підзаконних документів, заготівельні підприємства сплачували податки на загальних підставах, необхідно керуватися положенням, зокрема, п. 21.3 ст. 21 Закону "Про оподаткування прибутку підприємств". Тобто податкові платежі, що надміру надійшли до бюджету в результаті неправильного нарахування або порушення платником податку встановленого порядку сплати податку, підлягають поверненню з відповідного бюджету протягом десяти робочих днів з моменту отримання податковим органом відповідної заяви платника податку. А зарахування на зменшення платежів до цього бюджету майбутніх періодів, за вибором платника податку, у разі, якщо не минув строк позовної давності, встановлений законодавством.
За п. 21.4 того самого Закону сума податку, що надміру надійшла до бюджету в результаті неправильного нарахування (донарахування) податковим органом, підлягає поверненню з відповідного бюджету з урахуванням сум, сплачених за фінансовими санкціями, або зарахуванню на зменшення платежів до цього бюджету майбутніх періодів на підставі заяви, що подається платником податку такому податковому органу, якщо не минув строк позовної давності, встановлений законодавством. При цьому, починаючи з дня внесення зазначених сум до бюджету і закінчуючи днем їх повернення (заліку), на зазначену суму провадиться нарахування у розмірі 120 відсотків облікової ставки Національного банку України, що діяла на момент такого повернення (заліку). Щодо сум надмірно сплаченого ПДВ, то їх відшкодування з бюджету відбувається на підставі положень Закону „Про податок на додану вартість" від 3 квітня 1997 року.