Єдині правила обчислення та справляння збору за спеціальне використання водних ресурсів і збору за користування водами для потреб гідроенергетики і водного транспорту визначає Порядок № 1494.
Збір за спеціальне використання водних ресурсів справляється за використання води з водних об'єктів, що забрана із застосуванням споруд або технічних пристроїв, та скидання в них зворотних вод (п. 2 Порядку № 1494).
Об'єктом обчислення збору за спеціальне використання водних ресурсів є фактичний обсяг води, який використовують водокористувачі, з урахуванням обсягу втрат води в їх системах водопостачання.
Пунктом 5 Порядку № 1494 визначено, що під час використання води, яка надходить зі змішаних джерел (поверхневі, підземні), збір за спеціальне використання водних ресурсів обчислюється виходячи з обсягів використання води з кожного виду джерела водопостачання окремо за нормативами збору за спеціальне використання водних ресурсів та збору за користування водами для потреб гідроенергетики і водного транспорту, затвердженими постановою № 836.