Відповідно до п. 2.1 Інструкції № 231/539/118/219 платниками збору за спеціальне використання водних ресурсів та збору за користування водами для потреб гідроенергетики і водного транспорту є підприємства, установи та організації незалежно від форми власності, їх філії, відділення, інші відокремлені підрозділи, а також громадяни — суб'єкти підприємницької діяльності, які використовують водні ресурси та користуються водами для потреб гідроенергетики і водного транспорту.
Водокористувачі, які здійснюють забір води з водного об'єкта або використовують в установленому законодавством порядку воду, отриману від інши". водокористувачів, мають відповідно дозволи на спеціальне водокористування або договори на поставку води. Водокористувачам у встановленому порядку затверджуються ліміти використання водних ресурсів (п. 3.1 Інструкції № 231/539/118/219).
Об'єктом обчислення збору за спеціальне використання водних ресурсів є фактичний обсяг води, який використовують водокористувачі, з урахуванням обсягу втрат води в їх системах водопостачання (п. 4.1 Інструкції № 231/539/118/219).
Згідно з п. 6.5 зазначеної Інструкції у разі перевищення водокористувачами встановленого річного ліміту використання водних ресурсів збір за спеціальне використання водних ресурсів обчислюється і сплачується у п'ятикратному розмірі, виходячи з обсягів використання води понад ліміт, нормативів збору та коефіцієнтів.
Отже, за понадлімітне використання водних ресурсів збір обчислюється водокористувачами у п'ятикратному розмірі лише у разі перевищення річного ліміту використання води.
Пунктом 7.1 Інструкції № 231/539/118/219 визначено, що платники збору за спеціальне використання водних ресурсів складають розрахунок накопичувальним підсумком з початку року за встановленою формою, наведеною у додатку 2 до цієї Інструкції.
При обчисленні збору за спеціальне використання водних ресурсів за рік платник повинен зазначити дані в таких рядках розрахунку: «Встановлений ліміт» (рядок 01 графи 3), «Обсяг фактично використаної води з урахуванням втрату системах водопостачання, усього» (рядок 02), «У межах встановленого ліміту» (рядок 03), а також «Понад ліміт» (рядок 04) тощо. При цьому рядок 04 — це різниця значень рядка 02 і рядка 01.
Щодо термінів сплати збору за спеціальне використання водних ресурсів у разі понадлімітного використання водних ресурсів, то збір за спеціальне використання водних ресурсів сплачується платниками протягом 10 календарних днів, наступних за останнім днем граничного строку подання розрахунку збору за місцем податкової реєстрації (місцем перебування на податковому обліку в органах державної податкової служби), тобто протягом 50 календарних днів, наступних за останнім календарним днем звітного (податкового) кварталу (п. 7.6 Інструкції № 231/539/118/219).