Закон "Про порядок погашення зобов'язань платників податків перед бюджетами та державними цільовими фондами" взагалі передбачає лише два випадки, в яких можуть бути вилучені документи на підприємствах, в установах і організаціях незалежно від форм власності та у громадян-суб'єк-тів підприємницької діяльності. Відповідно до пп. 9.4.1. ст. 9 цього Закону оригінали первинних фінансово-господарських та бухгалтерських документів можуть бути вилучені на підставі рішення про арешт активів. Виконавець рішення про арешт активів платника податків (податковий керуючий або інший працівник податкового органу, призначений його керівником (або заступником) складає опис документів, що має скріплюватися підписами посадової особи податкового органу та платника податків, і залишає платнику податків копії цих документів (на обов'язок платника податків забезпечувати зняття копій пп. 9.4.1. Закону не вказує).
Крім випадку арешту активів, вилучення оригіналів первинних фінансово-господарських та бухгалтерських документів податковими органами може бути здійснено згідно із кримінально-процесуальним законодавством. Стаття 186 Кримінально-процесуального кодексу передбачає вилучення лише тих документів, які мають значення для справи. Отже, вилучення документів у платника податків може бути здійснене в ході розслідування кримінальної справи, якщо слідство має обгрунтовані підстави вважати, що платник податків пов'язаний із правопорушенням, за фактом якого кримінальну справу порушено.
Право податкових органів вилучати оригінали документів закріплено у п. 6 ст. 11 Закону "Про державну податкову службу в Україні". Органи державної податкової служби в установленому законом порядку мають право вилучати (із залишенням копій) у підприємств, установ та організацій документи, що свідчать про приховування (заниження) об'єктів оподаткування, несплату податків, інших платежів, та вилучати у громадян-суб'єктів підприємницької діяльності, які порушують порядок заняття підприємницькою діяльністю, реєстраційні посвідчення або спеціальні дозволи (ліцензії, патенти тощо) з наступною передачею матеріалів про порушення органам, що видали ці документи.
Отже, податкова має право вилучати документи, що підтверджують порушення з боку суб'єкта підприємництва законодавства щодо сплати податків, обов'язкових платежів та порядку заняття підприємницької діяльносте), а також документи, зміст яких підтверджує дані, отримані у ході розслідування кримінальної справи, до якої причетний суб'єкт підприємництва. Звідси висновок: причетність документів до згадуваних правопорушень з боку суб'єкта підприємництва має бути з'ясована в ході перевірки, а вилучення документів має проводитись на підставі складеного посадовою особою податкового органу переліку.
Наказом Державної податкової адміністрації України № 599 від 15 жовтня 2004 р. затверджені Методичні рекомендації щодо оформлення матеріалів документальних перевірок та нова редакція зразків форм актів перевірок. Посадова особа податкового органу має право здійснювати виїмку документів на підставі постанови згідно з протоколом вилучення, дати і номери яких зазначаються в акті перевірки. А для отримання матеріалів, що не підтверджують дані обліку підприємства, яке перевіряється, керівником податкового органу мають бути вжиті заходи щодо проведення позапланової документальної перевірки відповідно до ст. З "а" Указу Президента України від 23 липня 1998 року № 817/98 "Про деякі заходи з дерегу-лювання підприємницької діяльності". У такому випадку до матеріалів перевірки додаються копії актів, службових (доповідних) записок та інших документів, в яких чітко висвітлюється зміст порушень, що припущені платником і які стали причиною проведення позапланової перевірки.