У випадку зникнення документів суб'єкт господарської діяльності має керуватися роз'ясненнями Державного комітету архівів, Міністерства фінансів і податковим законодавством (згідно з Законом "Про порядок погашення зобов'язань платників податків перед бюджетами та державними цільовими фондами" роз'яснення окремих положень податкового законодавства надаються контролюючими органами у порядку, визначеному відповідним центральним (керівним) органом контролюючого органу, але роз'яснень з цього приводу Державна податкова адміністрація не надавала).
Державний комітет архівів України у листах від 19.12.2002 р. № 01-1078 та від 07.10.2003 р. № 01-1248 повідомляє, що у випадку неумисного знищення документів або втрати документів на підприємстві необхідно вжити заходів, передбачених у пп. 4.5.4 Правил роботи архівних підрозділів органів державної влади, місцевого самоврядування, підприємств, установ, організацій, затверджених наказом Держкомархіву України від 16.03.2001 р. № 16 (якими мають керуватися в своїй роботі суб'єкти господарської діяльності). Ці заходи передбачають розшук документів (форми та методи у правилах не зазначаються), а у разі негативного результату розшуку керівник установи за поданням експертної комісії (ЕК) та архівного підрозділу затверджує акт про нестачу архівних справ (документів), призначає службове розслідування і видає наказ про притягнення до" відповідальності осіб, винних у втраті документів або справ. Довідка про причини відсутності документів або справ, підписана керівником відповідного структурного Підрозділу, передається до архівного підрозділу установи. Звідси випливає висновок: керівник наказом має покласти обов'язки з ведення архіву на одного з працівників та затвердити склад експертної комісії. Згідно з пп. 4.4.1 до ЕК включаються керівники служби документаційного забезпечення управління і архіву установи, досвідчені працівники інших структурних підрозділів і фахівці відповідного державного архіву, головою ЕК призначається, як правило, заступник керівника підприємства, а секретарем — керівник архіву підприємства. У випадку втрати, знищення або псування розрахункових, платіжних та інших документів, обов'язковість ведення і зберігання яких передбачена правилами ведення податкового обліку, платник податку повинен, по-перше, письмово заявити про це податковому органу та, по-друге, поновити такі документи. Відповідно пп. 5.3.9 ст. 5 Закону "Про оподаткування прибутку підприємств" до складу валових витрат не належать витрати, непідтверджені відповідними розрахунковими, платіжними та іншими документами, обов'язковість ведення і зберігання яких передбачена правилами ведення податкового обліку. Письмова заява про втрату або знищення документів має бути надіслана до/або разом з поданням розрахунку податкових зобов'язань звітного періоду. Якщо платник податку не подасть у такий строк письмову заяву та не поновить зазначених документів до закінчення податкового періоду, що настає за звітним, не підтверджені відповідними документами витрати не визнаються валовими витратами і на суму недосплаченого податку нараховується пеня у розмірі 1,2 облікової ставки Національного банку України. Якщо платник податку поновить зазначені документи у наступних періодах, підтверджені витрати (з урахуванням сплаченої пені) включаються до валових витрат податкового періоду, на який припадає таке поновлення. У разі пропажі або знищення первинних документів, облікових реєстрів і звітів керівник підприємства письмово повідомляє про це правоохоронні органи та наказом призначає комісію для встановлення переліку відсутніх документів та розслідування причин їх пропажі або знищення (п. 6.10 Положення про документальне забезпечення записів у бухгалтерському обліку, затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 24 травня 1995 року № 88 за погодженням з Мінстатом та МВС України). Для участі в роботі комісії запрошуються представники слідчих органів та державного пожежного нагляду. Результати роботи комісії оформляються актом, який затверджує керівник підприємства. Копія акта в 10-ден-ний строк надсилається до органу, в сфері управління якого перебуває підприємство, та органу державної податкової служби. Міністерство фінансів України у листі від 28.10.2003 р. № 31-04200-30-29/4479 щодо пропажі або знищення первинних документів підприємства зазначає, що відповідно до Закону "Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в Україні" відповідальність за організацію бухгалтерського обліку та забезпечення фіксування фактів здійснення всіх господарських операцій у первинних документах, збереження оброблених документів, реєстрів і звітів протягом встановленого терміну, але не менше трьох років, несе власник (власники) або уповноважений орган (посадова особа), який здійснює керівництво підприємством відповідно до законодавства та установчих документів.
Узагальнюючи вищенаведені роз'яснення, можемо зробити висновок, що у разі зникнення документів, пов'язаних з фінансовою діяльністю, суб'єкт господарювання зобов'язаний, по-перше, здійснити заходи щодо їх пошуку та відновлення, і, по-друге, повідомити про цей факт в орган державної податкової служби, надіславши заяву та акт, що містить перелік документів, що зникли, та причини їх зникнення.
У випадку ж неумисного знищення документів або втрати документів (причини мають бути з'ясовані експертною комісією), що не пов'язані з фінансовою діяльністю підприємства, керівник, після видання наказу про притягнення до відповідальності осіб, винних у втраті документів або справ, передає до архівного підрозділу установи довідку про причини відсутності документів або справ.